Amidaza (AMD)
Encimi:So makromolekularni biološki katalizatorji, večina encimov so beljakovine
Amidaza:Katalizirajo hidrolizo različnih endogenih in tujih alifatskih in aromatskih amidov s prenosom acilne skupine v vodo, pri čemer nastajajo proste kisline in amoniak. Hidroksamske kisline in druge organske kisline se pogosto uporabljajo kot zdravila, ker so sestavine rastnih faktorjev, antibiotikov in zaviralcev tumorjev. Amidaze lahko glede na stereoselektivnost katalizatorja razdelimo na acilaze tipa R in tipa S.
Poleg kataliziranja hidrolize amidov lahko amidaza katalizira tudi reakcije prenosa acila v prisotnosti kosubstratov, kot je hidroksilamin.
Amidaze iz različnih virov imajo različno specifičnost substratov, nekatere lahko hidrolizirajo le aromatske amide, nekatere le alifatske amide, nekatere pa hidrolizirajo α- ali ω-amino amide. Večina aminov ima dobro katalitično aktivnost le za aciklične ali preproste aromatske amide, medtem ko so pri kompleksnih aromatih heterociklični amidi, zlasti amidi z orto substituenti, na splošno nizko aktivni (le nekaj encimov kaže boljše katalitične učinke).
Katalitični mehanizem:
| Encimi | Koda izdelka | Koda izdelka |
| Encimski prašek | ES-AMD-101~ ES-AMD-119 | komplet 19 amidaz, vsaka po 50 mg, 19 kosov * 50 mg/kos ali druga količina |
| Komplet za presejanje (SynKit) | ES-AMD-1900 | komplet 19 amidaz, 1 mg vsaka 19 kosov * 1 mg / kos |
★ Visoka specifičnost substrata.
★ Močna kiralna selektivnost.
★ Visoka učinkovitost pretvorbe.
★ Manj stranskih proizvodov.
★ Blagi reakcijski pogoji.
★ Okolju prijazno.
➢ Zaradi specifičnosti substrata je treba izvesti presejanje encimov za specifične substrate in izbrati encim, ki katalizira ciljni substrat z najboljšim katalitičnim učinkom.
➢ Nikoli ne pride v stik z ekstremnimi pogoji, kot so: visoka temperatura, visok/nizek pH in organska topila z visoko koncentracijo.
➢ Običajno mora reakcijski sistem vključevati substrat, pufersko raztopino (optimalni pH reakcije encima). V reakcijskem sistemu za prenos acilnih skupin morajo biti prisotni kosubstrati, kot je hidroksilamin.
➢ AMD je treba v reakcijski sistem z optimalnim reakcijskim pH in temperaturo dodati zadnji.
➢ Vse vrste AMD imajo različne optimalne reakcijske pogoje, zato je treba vsako od njih podrobneje preučiti posebej.
Primer 1(1):
Hidrolizna aktivnost na različne amidne substrate
| Podlaga | Specifična dejavnost μmol min-1mg-1 | Podlaga | Specifična dejavnost μmol min-1mg-1 |
| Acetamid | 3,8 | ο-OH benzamid | 1.4 |
| Propionamid | 3,9 | p-OH benzamid | 1.2 |
| Laktamid | 12,8 | ο-NH2benzamid | 1,0 |
| Butiramida | 11,9 | p-NH2benzamid | 0,8 |
| Izobutiramid | 26.2 | ο-Toluamid | 0,3 |
| Pentanamid | 22,0 | p-Toluamid | 8.1 |
| Heksanamid | 6.4 | Nikotinamid | 1,7 |
| Cikloheksanamid | 19,5 | Izonikotinamid | 1,8 |
| Akrilamid | 10.2 | Pikolinamid | 2.1 |
| Metakrilamid | 3,5 | 3-fenilpropionamid | 7,6 |
| Prolinamid | 3.4 | Indol-3-acetamid | 1,9 |
| Benzamid | 6,8 |
Reakcijo smo izvedli v 50 mM raztopini natrijevega fosfatnega pufra, pH 7,5, pri 70 °C.
| Amidi | Hidroksilamin | Hidrazin |
| Acetamid | 8.4 | 1.4 |
| Propionamid | 18,4 | 3.0 |
| Izobutiramid | 25,0 | 22,7 |
| Benzamid | 9.2 | 6.1 |
Reakcijo smo izvedli v 50 mM raztopini natrijevega fosfatnega pufra, pH 7,5, pri 70 °C.
Sorodna koncentracija reagentov: amidi, 100 mM (benzamid, 10 mM); hidroksilamin in hidrazin, 400 mM; encim 0,9 μM.
Primer 2(2):
Primer 3(3):
1. D'Abusco AS, Ammendola S., et al. Ekstremofili, 2001, 5: 183-192.
2. Guo FM, Wu JP, Yang LR in sod. Procesna biokemija, 2015, 50(8): 1400–1404.
3. Zheng RC, Jin JQ, Wu ZM in sod. Bioorganska kemija, 2017, dostopno na spletu 7.
